En la actualidad, el FCAS impulsa tres programas en este país. Dos de ellos se encuentran en su etapa final de ejecución, que son el CUB-004-B (4,5 millones de euros), cuyo objetivo es la rehabilitación, ampliación y mejora de 6 sistemas de agua potable de varias ciudades de tamaño medio localizadas en diferentes provincias del país, actuando sobre el abastecimiento a través de plantas potabilizadoras, redes principales y secundarias y conexiones domiciliarias, y el CUB-003-B (2,8 millones de euros), que tiene como principal objetivo la construcción de varios sistemas de tratamiento de aguas residuales urbanas en el área de influencia de las cuencas tributarias de La Bahía de La Habana, si bien en este último se han presentado numerosas dificultades en el proyecto de Monterrey.
En diciembre de 2018 se aprobó un tercer programa orientado a mejorar el acceso a agua potable, el CUB-005-B (0,65 millones de euros), que complementa al CUB-004-B actuando en dos municipios: La Palma y Cueto, en los que ya se interviene a través del CUB-004-B, y cuyos documentos operativos se comenzaron a elaborar durante el año 2019 con los necesarios estudios previos de cara a la inminente puesta en marcha del programa.
El Instituto Nacional de Recursos Hidráulicos de Cuba en colaboración con la Agencia Española de Cooperación Internacional (AECID) y el Fondo de Cooperación para Agua y Saneamiento impulsó la realización del primer Taller sobre revisión de la normativa nacional de vertidos de aguas residuales urbanas.
La Agencia Española de Cooperación promueve, junto con el gobierno cubano, una iniciativa para cambiar la cara al saneamiento de la Habana.
El Fondo de Cooperación para Agua y Saneamiento financia en Cuba un programa para apoyar el abastecimiento de agua en seis pequeñas ciudades que hasta 2018 ha logrado la conexión de 36.000 personas.
